北京大学医学部和北京协和医学院都是中国顶尖的医学院校，其考研难度都相当高。以下是一些具体的比较：

录取标准和分数要求 ：

协和医学院 ：录取难度高，主要因为其高录取标准和较少的招生名额。协和的临床专业录取不仅考虑清华大学的录取计划，而且分数通常高于清华的录取线。

北京大学医学部 ：虽然录取难度也高，但相对来说，分数一般比北大普通专业低一些。

招生名额 ：

协和医学院 ：每年招收的临床专业人数较少，竞争非常激烈。

北京大学医学部 ：每年本科直升研究生的数量与推免生的比例都较大，招生名额相对较多。

专业难度 ：

协和医学院 ：某些专业，如临床医学，录取难度甚至超过北大医学部。

北京大学医学部 ：在预防医学方面可能更具优势，但整体难度也不容小觑。

复试要求 ：

协和医学院 ：复试时英语要求很高，且科研型硕士三年研究生学习几乎全在实验室度过。

北京大学医学部 ：复试时也需要双向选择，高分者有优先权。

就业前景 ：

协和医学院 ：毕业生通常不需要担心就业问题，因为其声誉和就业率都很高。

北京大学医学部 ：就业前景也很好，但可能需要根据具体专业和个人情况来选择。

综合对比 ：

总体而言，北京协和医学院在临床医学等专业方面录取难度更高，并且对研究生科研能力有较高要求。而北京大学医学部在某些方面（如预防医学）录取难度相对较低，但竞争也非常激烈。

建议 ：

如果考生在临床医学等难度较大的专业上有较高的兴趣和实力，且希望进入顶尖医学院校，那么北京协和医学院可能是更好的选择。

如果考生希望在预防医学等相对容易一些的专业上深造，并且对北京大学的声誉和教育质量有较高认可度，那么北京大学医学部也是一个值得考虑的选项。

最后，无论选择哪所学校，都需要做好充分的准备和努力，因为医学考研的竞争非常激烈。