暂时无法得知日本哪些大学有三本专业以真实客观的回答，但是我可以为您提供部分日本大学的相关信息供您参考：

人文社会学类专业

文学

语言学

心理学

经济学

商学

社会学

国际关系

法学

教育学类专业

学校教育

教科教育

科学文化教育

言语文化教育（日本语）

教育心理学

经管类专业

经济学

经济政策学

商学

经营学

会计学

MBA

MOT

法学类专业

法律学

政治学

工学类专业

机械工程

电子工程

化学工程

土木工程

建筑学

环境学

信息学

自然科学类专业

物理学

数学

化学

生物学

请注意，以上信息可能不是最新的，因为大学的课程设置可能会随着时间和政策的变化而变化。建议直接咨询您感兴趣的日本大学，以获取最准确和最新的专业信息。