菏泽学院设有多个学院，开设了大量本科专业，涵盖多个学科领域。以下是部分学院及其专业的介绍：

农业与生物工程学院（牡丹学院）：

生物工程

生物科学

食品科学与工程

园艺

设施农业科学与工程

药品生物技术

园艺技术

设施农业与装备

种子生产与经营

农产品加工与质量检测。

人文与新闻传播学院：

汉语言文学（师范类）

历史学（师范类）

广告学

广播电视学（校企合作）

小学语文教育

现代文秘。

外国语学院：

英语教育（师范类）

商务英语（校企合作）

日语。

物理与电子工程学院：

应用电子技术

电子信息工程技术

电气自动化技术

物理学。

化学化工学院：

应用化工技术（校企合作）

化学（师范类）

化学工程与工艺

环境科学与工程。

机电工程学院：

机电一体化技术（校企合作）

机器人工程

自动化

机械电子工程。

计算机学院：

计算机应用技术

物联网工程（校企合作）

计算机科学与技术（校企合作）。

城市建设学院：

城乡规划

建筑工程技术（校企合作）

建筑学。

药学院：

畜牧兽医

药品生产技术

药品质量与安全

药学。

商学院：

财务管理

经济学

金融工程

物流管理

市场营销（校企合作）

经济信息管理

会计

电子商务（校企合作）

物流管理（校企合作）。

美术与设计学院：

美术学

环境设计

书法学

动画

视觉传达设计

产品设计。

音乐与舞蹈学院：

戏曲表演

音乐学

音乐教育

舞蹈学

音乐表演。

体育与健康学院：

体育教育

武术与民族传统体育

健康服务与管理。

教师教育学院：

心理学（师范类）

学前教育

小学教育（师范类）

特殊教育（师范类）。

政法学院：

劳动与社会保障

小学道德与法治教育

行政管理

思想政治教育

社会工作。

以上仅为部分专业介绍，具体专业设置可能会有变动，正式填报时请以学校最新公布的数据为准。