处理增值税专用发票（专票）作废的步骤如下：

确认作废条件 ：

确保专票尚未进行认证抵扣。如果已经认证抵扣，需要按照规定进行红冲操作。

作废操作 ：

找到作废的专用发票的发票联和抵扣联，并将它们一起放入作废发票集中存放处。

在作废的发票联和抵扣联上填写作废原因，并加盖作废专用章。

归档保存 ：

将作废的专用发票连同作废原因的书面说明以及发票存根联一起交由财务部门或发票管理人员。

财务部门或发票管理人员应将作废发票及作废原因的书面说明归档保存。

税务申报 ：

在税务申报时，如实申报涉及已作废的专用发票。

发票整理 ：

企业应定期对作废的专用发票进行整理和归档，确保发票管理的规范性和完整性。

开具红字发票 ：

如果专票开错或发生销货退回、应税服务终止等情形，不能直接作废票据时，需要开具红字发票冲回已开具的票据。

账务处理 ：

对于被对方误作废的专票，需要退回给销售方，并由销售方补开一份发票入账。

系统作废 ：

在开票系统里作废，将相应的电子数据按“作废”处理，并在纸质专票各联次上注明“作废”字样，全联次留存备查。

请根据具体情况选择合适的作废方法，并确保遵循相关税法规定。需要注意的是，作废的专票必须全联次留存，以备查验。