南京和上海在考研难度上 不分伯仲 ，具体哪个更难并没有一个明确的答案，因为这取决于多种因素，包括学校的层次、专业热门程度、招生名额以及报考人数等。

学校层次 ：南京和上海都拥有众多211和985高校，这些高校考研难度相对较大。例如，复旦大学、同济大学、上海交通大学、南京大学等顶尖高校，考研竞争都非常激烈。

专业热门程度 ：某些专业在上海和南京可能竞争更为激烈。例如，金融、计算机科学等热门专业，无论是南京还是上海，报考人数都较多，录取难度较大。

招生名额 ：不同学校的招生名额也会影响考研难度。一些高校虽然整体考研难度较大，但如果招生名额较多，相对而言考取的机会也会增加。

地理位置和户口问题 ：上海作为一线城市，其地理位置和户口问题可能对考研难度产生一定影响。一些考生可能因为户口问题而更倾向于选择北京或上海的高校，这也会增加这些地区的考研竞争。

因此，无论是南京还是上海，考研难度都相对较高，考生需要做好充分的准备和规划。建议考生根据自己的实际情况，综合考虑学校、专业、招生名额等因素，选择适合自己的目标院校。