南昌大学最好的专业主要包括以下几个：

国家级特色专业

材料成型及控制工程

医学影像学（五年）

生物科学

工商管理

软件工程

通信工程

汉语言文学

计算机科学与技术

食品科学与工程

江西省特色专业

自动化

机械设计制造及其自动化

材料科学与工程

化学工程与工艺

新闻学

水产养殖学

高分子材料与工程

热能与动力工程

麻醉学（五年）

土木工程

化学

预防医学（五年）

数学与应用数学

环境工程

口腔医学（五年）

行政管理

学科评估排名较高的专业

食品科学与工程（A）

新闻学（A-）

化学（A-）

生物学（A-）

机械工程（A-）

材料科学与工程（A-）

电气工程及其自动化（A-）

通信工程（A-）

计算机科学与技术（A-）

土木工程（A-）

ESI世界排名前1%的学科

生物学与生物化学

化学

临床医学

计算机科学

工程学

环境生态学

免疫学

材料科学

分子生物学与遗传学

神经科学与行为学

药理学与毒理学

这些专业在学科建设、师资力量、科研成果等方面表现突出，具备较强的实力，也是南昌大学排名最好的专业。不过，具体选择哪个专业还需根据个人兴趣和职业规划来决定。