南开大学不是C9大学的主要原因与历史发展相关，具体分析如下：

一、未加入C9联盟的核心原因

与天津大学未合并

C9联盟成立于2009年，最初计划吸纳包括南开大学和天津大学在内的九所顶尖高校。有传言称南开大学被要求与天津大学合并以成为C9成员，但两校最终未实现合并。这一未合并的事实是南开大学未能加入C9联盟的直接原因。

联盟成员的严格筛选标准

C9联盟由教育部直属的顶尖高校组成，成员需在科研实力、学科建设、国际排名等方面达到顶尖水平。尽管南开大学是历史悠久的文理名校，入选双一流A类大学，但其理工科实力和部分学科排名未达到C9成员的标准。

二、其他相关因素

学科分类差异

C9联盟以理工科见长，成员多为工科和理科强校（如清华、浙大、中科大等），而南开大学以文理学科见长，属于综合类高校，这种学科定位差异也是其未加入的重要原因。

排名与评价体系差异

南开大学近年综合排名有所下滑，部分榜单将其归为中游985高校，而C9成员普遍处于国内顶尖高校行列。此外，C9的评选基于院士数量、重点学科、国家重点实验室等量化指标，南开大学在这些方面与部分C9成员存在差距。

三、现状与评价

尽管未加入C9联盟，南开大学仍是中国顶尖高校之一，入选双一流A类大学，并在化学、经管等学科领域具有较强实力。其性价比和学术声誉使其成为独立的高等学府，近年来通过优化招生政策（如专业大类内任选）进一步提升了竞争力。

综上，南开大学未加入C9联盟的核心原因是与天津大学未合并，同时受学科定位和评价体系差异影响。但其学术实力和综合排名仍使其在中国高等教育体系中占据重要地位。