青海省最好的专业大学主要包括以下几所：

青海大学：作为青海省唯一一所“211工程”和“双一流”建设高校，青海大学在生态学、草学、化学工程与技术、临床医学、水利工程等领域具有显著优势。其生态学学科入选国家“双一流”建设学科，草学、化学工程与技术等专业也结合了青海省的资源特色和产业需求。

青海师范大学：该校以教育学、地理科学、中国少数民族语言文学（藏语言文学）等专业见长，是青海省重要的师范类高校，培养了大量基础教育师资。

青海民族大学：该校在民族学、中国少数民族语言文学（藏语言文学）、法学等专业上具有特色，是青海省重要的民族类高校，致力于研究少数民族文化和社会发展。

这些大学在各自的专业领域内具有显著的优势和特色，为青海省及全国培养了大量的专业人才。