根据最新的2025年QS世界大学学科排名和相关资料，以下是日本历史专业表现突出的大学：

东京大学

东京大学在历史学领域具有世界级的学术影响力，其人文社会系研究科下设多个与史学相关的专业，如日本文化研究、亚洲文化研究、欧美文化研究等。东京大学在2025年QS世界大学学科排名中位列全球第29位。

京都大学

京都大学是日本历史最悠久的大学之一，其文学研究科的历史文化学专攻开设日本史、东方史、西南亚史、西方史和考古学等专业。京都大学在2025年QS世界大学学科排名中位列全球第67位。

早稻田大学

早稻田大学作为日本著名的私立大学，其历史专业也有较高的研究水平。在2025年QS世界大学学科排名中，早稻田大学位列日本第2位，全球第65位。

庆应义塾大学

庆应义塾大学是日本历史最悠久的私立大学之一，其历史专业位于文学研究科下，研究实力较强。在2025年QS世界大学学科排名中，庆应义塾大学位列全球第180位。

大阪大学

大阪大学的历史专业在国内外享有较高的声誉，尤其在近现代史研究方面表现突出。在2025年QS世界大学学科排名中，大阪大学位列全球第200位。

东北大学

东北大学作为日本顶尖的综合研究型国立大学，其历史学科也有一定的研究实力。在2025年QS世界大学学科排名中，东北大学位列全球第276位。

一桥大学

一桥大学专攻人文社会科学，其历史专业在日本享有较高的声誉。在2025年QS世界大学学科排名中，一桥大学位列全球第201-250位。

名古屋大学

名古屋大学的历史专业在亚洲地区有一定的研究影响力。在2025年QS世界大学学科排名中，名古屋大学位列全球第272位。

九州大学

九州大学的历史专业也有一定的研究实力，尤其在区域史研究方面表现突出。在2025年QS世界大学学科排名中，九州大学位列全球第350位。

北海道大学

北海道大学的历史专业在北方史研究方面有一定的特色。在2025年QS世界大学学科排名中，北海道大学位列全球第401-450位。

这些大学在历史专业方面各有特色和优势，建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的大学进行深入研究。