河海大学是一所以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属全国重点大学。截至2024年9月，学校下设31个院系，开设72个本科专业，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、农学、管理学等9个学科门类。以下是部分学院及其专业：

水文水资源学院：水文与水资源工程、水务工程。

水利水电学院：水利水电工程、智慧水利、安全工程。

港口海岸与近海工程学院：港口航道与海岸工程、海洋资源开发技术、船舶与海洋工程。

土木与交通学院：土木工程、交通工程、智能建造。

环境学院：环境工程、环境科学、环境生态工程、给排水科学与工程。

电气与动力工程学院：电气工程及其自动化、能源与动力工程。

计算机与软件学院：计算机科学与技术、软件工程。

信息科学与工程学院：物联网工程、通信工程、电子信息工程。

人工智能与自动化学院：人工智能、智能科学与技术、自动化。

力学与工程科学学院：工程力学、应用物理学。

地球科学与工程学院：地质工程、测绘工程。

农业科学与工程学院：农业水利工程、土地整治工程。

机电工程学院：机械工程、机器人工程、智能制造工程、工业设计。

新能源学院：新能源科学与工程。

材料科学与工程学院：材料科学与工程、金属材料工程。

海洋学院：海洋科学、海洋技术。

地理与遥感学院：自然地理与资源环境、地理信息科学、遥感科学与技术。

数学学院：数学与应用数学、信息与计算科学。

商学院：人力资源管理、会计学、市场营销、信息管理与信息系统、工程管理、财务管理、工商管理、大数据管理与应用。

经济与金融学院：国际经济与贸易、金融工程、经济学。

公共管理学院：劳动与社会保障、广播电视学、播音与主持艺术、土地资源管理、社会学、应急管理。

法学院：法学。

马克思主义学院：思想政治教育、马克思主义理论。

外国语学院：英语、法语。

体育系：运动训练。

大禹学院：水利类（大禹强化班）、工程力学（大禹徐芝纶班）、计算机类（大禹强化班）、土木、水利与海洋工程（大禹强化班）。

河海里尔学院：土木工程（中外合作办学）、机械工程（中外合作办学）。

未来技术学院：智能制造工程（未来技术班）。

卓越工程师学院：卓越工程师培养计划相关专业。

应急管理与安全工程学院：应急管理相关专业。

水土保持学院：农业水利工程（水土保持方向）。

河海大学还设有多个博士后流动站、博士点和硕士点，涵盖广泛的学科领域。