机动车扣6分的罚款金额为200元 。根据最新的交通法规，当黄灯亮起时，如果车辆未停车而继续通行，会被认定为违章行为，直接罚款200元，并且扣除6分。此外，交通违章扣6分的情况还包括高速公路车道内停车、非紧急情况下在应急车道内停车、驾驶机动车违反道路交通信号灯通行等，这些情况下的处罚结果均为驾驶证记6分、罚款200元。

因此，无论是哪种情况，机动车扣6分都需要缴纳200元的罚款。建议广大驾驶员遵守交通规则，避免违章行为，以免受到处罚。