东南大学有二本专业的原因可能包括以下几点：

合并院校 ：如果东南大学与专科院校或实力相对较弱的二本院校合并，可能会导致合并后的专业在师资力量、教学资源等方面存在差距，从而使得部分专业在二本批次招生。

专业热度和实力 ：东南大学的某些专业可能由于就业前景、学科实力等原因，在就业市场上表现不如其他专业，因此这些专业可能被安排在二本批次招生。

校区差异 ：如果东南大学有多个校区，且分校区相对主校区在师资力量、硬件设施等方面存在差距，那么分校区开设的专业可能会在二本批次招生。

独立学院 ：东南大学名下的成贤学院（民办本科）是二本学校，里面的专业全部是二本或三本。

专业设置 ：东南大学医学院的专业中，有着东南大学唯一的一个二本专业——护理学。

需要注意的是，这些原因并不是相互独立的，可能存在多种因素共同作用导致某个专业在二本批次招生。此外，随着教育改革的推进，一些高校可能会调整招生批次，因此具体情况可能会随时间而变化。