在科目三考试中，关闭发动机的操作步骤如下：

停车 ：首先，学员需要将车辆停稳，并确保车辆处于安全状态。这通常包括开启右转向灯，观察右方车道情况，确保安全后靠边停车。

挂挡 ：车辆停稳后，学员需要迅速挂入空挡（如果车辆是自动挡，则将挡位设置于P档）。

拉起手刹 ：拉起手刹，确保车辆不会因坡道等原因滑动。

松开离合和刹车 ：在确认安全的情况下，松开离合和刹车踏板，使车辆处于静止状态。

关闭点火开关 ：将点火开关转到"OFF"或"LOCK"位置，关闭发动机。有些情况下，只需将钥匙逆时针旋转一次即可关闭发动机，而旋转两次则会关闭所有电源。

复位灯光 ：将车辆灯光复位，确保所有灯光已关闭。

确认安全 ：在关闭发动机后，学员需要确认周围环境安全，然后进行后续操作，如下车等。

需要注意的是，不同地区和驾校可能有不同的考试规则和要求，因此具体的操作方法可能会有所差异。建议学员在考试前详细询问教练，并按照教练的指示进行操作，以确保顺利通过考试。