物流工程在研究院的工作主要包括以下几个方面：

物流系统研究与规划 ：对物流系统进行深入研究，包括运输、仓储、配送等环节的优化设计，研究物流系统的资源优化配置，以提高整体效率和降低成本。

物流技术与装备研发 ：研发新型物流技术和设备，如自动化仓库系统、无人搬运车、智能分拣系统等，并对现有物流设备进行改进和升级，以提高物流作业的效率和准确性。

物流信息系统开发与应用 ：开发和维护物流管理系统，实现信息的收集、处理和分析，为物流决策提供实时、准确的数据支持。

供应链管理 ：整合供应链中的各个环节，包括供应商、生产商、分销商和客户等，实现协同和优化。

物流成本分析与控制 ：分析物流成本构成，制定有效的成本控制策略，并对物流过程中的成本进行监控和管理，以优化经济效益。

物流政策与法规研究 ：研究物流相关的政策和法规，为物流行业的发展提供政策建议，并参与物流行业标准的制定和完善。

物流教育与培训 ：在高校或研究机构中从事物流工程领域的教学和科研工作，培养具有物流工程知识和技能的专业人才。

供应链管理 ：着重开展供应链企业竞争与博弈、供应链设计与协调、供应链风险管控、绿色物流与供应链管理、“互联网+”供应链管理与优化等领域研究。

物流系统优化 ：着重开展低碳智慧物流系统建模与算法优化、物流大数据系统集成与复杂物流系统仿真等领域研究，以及在城市物流、冷链物流、港航物流等领域的应用。

物流运作管理 ：着重开展物流商业和运营模式创新、低碳与可持续物流运作管理、智慧物流运营与管理，以及在国家政策和重大战略导向下的行业物流运作管理转型等领域研究。

物流产业规划 ：重点开展区域物流战略规划、区域物流产业与政策规划、区域物流基础设施网络规划、物流园区规划、城市物流系统规划的理论、方法与应用等研究。

这些研究方向涵盖了物流工程的多个重要领域，旨在通过科学研究和技术创新，推动物流行业的发展和进步。