清华大学水利工程专业考研的科目包括：

101思想政治理论 ：考察考生对于马克思主义的理论基础和相关政治理论的掌握程度。

201英语一 ：考察考生的英语综合能力，包括听、说、读、写的能力。

301数学一 ：考察考生数学基础知识和数学分析能力。

959水利工程专业基础 ：包括结构力学基本教程等内容。

建议考生根据最新的招生简章和相关资料，认真准备各科目的复习，确保在考试中取得理想成绩。