南通目前有一所医学院，即 南通大学医学院 。南通大学医学院的前身是私立南通医学专门学校，由中国近代实业家、教育家、政治家张謇先生于1912年创办，是中国最早创办的高等医学院校之一。1952年，南通医学院改建为公立医学院，并更名为苏北医学院。1956年，苏北医学院正式定名为南通医学院。1957年，南通医学院迁往苏州，并更名为苏州医学院，同时南通建立苏州医学院南通分部。1958年，南通分部又改为南通医学院。2004年，南通医学院与南通工学院、南通师范学院合并组建南通大学，成为南通大学的一个二级学院。

南通大学医学院设有多个本科专业，包括临床医学、医学影像学、康复治疗学、护理学、智能医学工程等。学院拥有基础医学、临床医学、信息与通信工程、公共卫生与预防医学、特种医学等多个一级学科博士点。其中，临床医学专业是国家级一流本科专业建设点、特色专业，以及江苏省A类品牌专业，该学科还进入ESI学科全球排名前1%。