合肥工业大学生物工程考研的初试科目通常包括以下几门：

思想政治理论 （满分100分）。

英语 （满分100分）。

数学 （满分150分）。

专业课 ，可能包括生物化学、微生物学、细胞生物学、遗传学等，具体科目以当年招生简章为准。

此外，根据不同的研究方向，可能还会有复试环节，包括笔试和面试。笔试内容可能涵盖生物工程综合知识，例如遗传学、细胞生物学等。

建议考生在准备考研时，仔细查阅当年的招生简章，了解具体的考试科目和要求，以便有针对性地进行复习。