复旦大学和同济大学都是中国顶尖的高等教育机构，尤其在计算机科学和工程领域享有盛誉。根据最新的评估和排名信息，可以得出以下结论：

综合排名 ：

复旦大学 ：在2024年综合排名中位列全国第5位。

同济大学 ：在2024年综合排名中位列全国第17位。

学科评估 ：

复旦大学 ：计算机科学与技术学科评估结果为B+。

同济大学 ：计算机科学与技术学科评估结果为A-。

专业方向 ：

复旦大学 ：在AI领域和保密安全软件等领域具有较强实力。

同济大学 ：计算机专业偏向应用方向，在业内也有一定的知名度。

学术声誉和就业情况 ：

复旦大学 ：在学术界有较高的声誉，学生就业市场认可度较高。

同济大学 ：作为985和211工程的重点建设高校，在工科领域享有较高的声誉，计算机专业毕业生在业内也有一定的知名度。

建议

选择复旦大学还是同济大学，需根据个人兴趣和职业规划来决定。如果对AI和保密安全软件等领域有浓厚兴趣，复旦大学可能是更好的选择。而如果希望在计算机应用方向发展，同济大学也是一个非常优秀的选择。综合考虑学校的综合排名、学科评估、专业方向以及学术声誉和就业情况，复旦大学在整体上略占优势。