只有同种元素的分子和原子才能比较大小。对多原子分子来说，分子比原子大，如氧气分子大于氧原子。不同物质的分子和原子不能直接比较，因为不管是体积还是质量，有的分子大于原子，有的原子大于分子。

分子是由组成的原子按照一定的键合顺序和空间排列而结合在一起的整体，这种键合顺序和空间排列关系称为分子结构。由于分子内原子间的相互作用，分子的物理和化学性质不仅取决于组成原子的种类和数目，更取决于分子的结构。