在京东进行店铺装修时，商家需要支付的费用主要分为两部分：设计费用和服务费用。

设计费用

设计费用是指商家需要支付给设计师的费用，根据设计师的资历和经验，设计费用也会有所不同。资深设计师的收费会比较高，但他们的设计水平和经验也更加丰富，可以为商家带来更好的装修效果。商家可以根据自己的需求和预算选择合适的设计师。

服务费用

服务费用是指商家需要支付给京东平台的费用，包括店铺装修的使用费和维护费等。京东平台会根据不同的服务内容和质量收取不同的服务费用。一般来说，服务费用会根据商家的店铺等级和装修需求而有所不同。商家可以根据自己的经营情况和预算选择合适的服务方案。

此外，京东平台还提供一些免费的店铺装修模板和工具，商家可以使用这些免费的资源进行店铺装修，节省一部分成本。但如果商家需要更加个性化、专业化的装修服务，就需要支付相应的费用。

关于付款方式，装修款通常分为四次支付：

首期款：

在签订装修合同后，需要预付给装修公司30%的装修启动资金，以确保装修材料按时到位。

中期进度款：

在装修过程中，一般支付装修款的30%-50%为最佳，通常在验收合格后进行。

尾款：

在装修基本完成并验收合格后，支付剩余的10%装修款。

保证金：

有些情况下，商家需要支付一定金额的保证金，具体金额根据类目而定，一般在半年后全额支付给装修公司。

建议商家在支付装修费用时，仔细阅读合同条款，明确各项费用的具体金额和支付方式，以避免后期纠纷。同时，商家可以根据自己的经营情况和预算，选择合适的设计师和服务方案，以确保装修效果和成本控制。