施工图深化设计的收费方式通常有以下几种：

计件定价：

施工图深化公司按照完成的施工图数量和质量进行计算并收费。这种方式可以确保客户只支付实际完成的工作量，并且激励施工图深化团队高效完成任务。

按平方取费：

根据设计面积的大小进行收费，不同用途和面积的设计费用有所不同。例如，酒店、会所类设计费用为20-40元/平方米，办公、商业类为20-30元/平方米，别墅、样板房类为50-100元/平方米。

按难度和复杂程度收费：

对于技术要求高、工程量大、时间紧迫的项目，施工图深化公司可能会提高收费标准。

按项目阶段收费：

有些公司会按照项目完成的不同阶段进行收费，例如，平面施工图完成并经甲方确认后收取一定比例的设计费，立面施工图完成后再收取一定比例的设计费，项目完成并交付甲方后，若需修改则每次按原价的一定比例取费。

综合收费：

有些公司会综合考虑设计工作量、设计师的专业水平、市场需求和行业竞争等因素来确定收费标准。

在选择施工图深化设计公司时，建议与多家公司进行沟通，明确项目需求和预算，以便选择最合适的收费方式和设计公司。同时，也要注意合同中关于收费的详细条款，确保双方对收费标准和支付方式达成一致。