新疆地区的单位想要注册二级建造师，需要遵循以下步骤：

1. 准备所需材料

需要准备以下材料：

二级建造师执业资格证书原件

身份证正反面复印件

学历证书复印件

近期一寸蓝底或红底证件照片若干张（具体数量根据当地要求）

填写完整的《二级建造师初始注册申请表》

2. 提交注册申请

将上述材料整理齐全后，通过新疆建设网进入“新疆工程建设云”平台，选择“二级建造师管理系统”进行在线注册申请。按照系统提示填写相关信息并上传相关材料的扫描件。

3. 等待审核

提交申请后，相关部门会对提交的材料进行审核。审核通过后，会进行公示，公示期为10个工作日。公示期间无异议的，视为注册成功。

4. 领取注册证书

公示期结束后，可以携带身份证原件至当地住房和城乡建设局领取二级建造师注册证书。

5. 注意事项

在注册过程中，需要注意以下几点：

确保所提供的信息和材料真实、完整、有效。

关注新疆建设网的动态更新，以便及时了解注册进度和相关政策变化。

妥善保管好注册证书，不得出借、出租或转让。

6. 继续教育

二级建造师注册有效期为三年，有效期满需继续执业的，应在期满前3个月内完成不少于120学时的继续教育，并取得继续教育合格证书后方可办理延续注册手续。

7. 变更注册信息

若在注册有效期内发生工作单位变动等情况，应及时办理变更注册手续。具体流程与初始注册相似，但需额外提供原聘用单位出具的解聘证明。

8. 注销注册

当二级建造师决定不再从事相关工作或者达到法定退休年龄时，应办理注销注册手续。注销注册后，其注册证书和执业印章将作废。

以上便是新疆单位注册二级建造师的详细流程及注意事项。在整个过程中，建议密切关注官方通知，确保所有操作符合最新规定和要求。