在沙漠中施工时，预算的增加主要涉及以下几个方面：

防风和防沙措施费用

由于沙漠地区风沙频繁，需要采取防风和防沙措施，如搭建防风棚、使用防沙网等。这些措施的费用需要计入预算。

气候影响措施费用

沙漠地区气候极端，昼夜温差大，需要采取相应的气候适应措施，如保温、防晒等。这些措施的费用也需要计入预算。

材料和设备费用

由于风沙影响，普通材料和设备容易受损，需要使用特殊材料和设备，如耐风沙的材料、风沙过滤设备等。这些材料和设备的费用需要额外计入预算。

人工和机械效率降低的费用

风沙会影响施工人员的健康和工作效率，可能需要增加人工费用或调整施工时间。同时，机械设备的效率也会降低，需要考虑机械使用费用的增加。

积沙和风蚀的清理修复费用

施工过程中会产生积沙和风蚀，需要定期进行清理和修复工作。这些清理和修复工作的费用也需要计入预算。

风力预警观测设施费用

在风沙严重的地区，可能需要建设风力预警观测设施，以实时监测风力和风沙情况，保障施工安全。这些设施的费用也需要额外计入预算。

根据《公路工程基本建设项目概算预算编制办法（JTG B06-2007）》，风沙地区施工增加费的计算以各类工程的人工费和机械使用费之和为基数，根据工程所在地的风沙区划及类别，按规定的费率计算。

建议：

在制定沙漠施工预算时，应充分考虑风沙地区特有的施工环境，详细列出各项防风、防沙、气候适应、材料和设备、人工和机械效率降低、积沙和风蚀清理修复等费用。

与当地气象部门和地质部门合作，获取准确的气象资料和自然特征，以便准确划分风沙区，并确定相应的施工增加费费率。

考虑购买额外的保险，以应对可能出现的突发风沙灾害，保障施工人员的安全和工程的顺利进行。