要注销甘肃二级建造师的注册，需要遵循以下步骤：

1. 准备相关材料

你需要准备以下材料：

身份证原件及复印件

二级建造师执业资格证书原件

与聘用单位签订的劳动合同原件及复印件，或者离职证明文件

如有必要，还需提供社会保险缴纳证明等文件

2. 填写注销申请表

登录甘肃省住房和城乡建设厅官方网站，下载并填写《二级建造师注销注册申请表》。确保所有信息填写完整且准确无误。

3. 提交材料

将准备好的材料和填写好的注销申请表一并提交至当地的建设行政主管部门。具体地址可以咨询当地建设局或在线查询。

4. 等待审核

提交材料后，相关部门会对你的申请进行审核。审核过程可能需要一段时间，具体时间根据当地实际情况而定。在此期间，请保持联系方式畅通以便接收相关通知。

5. 完成注销

审核通过后，你的二级建造师资格将被正式注销。届时，你将不再具备担任相应级别项目经理的资格。同时，你也需要注意，一旦注销成功，未来如需重新注册，需按照首次注册的要求重新提交相关材料并经过审核。

6. 注意事项

在注销过程中，请注意以下几点：

确保所提交的材料真实有效，任何虚假材料都可能导致注销申请被拒绝甚至承担法律责任。

在注销申请期间，避免进行任何可能影响审核结果的行为，如继续以二级建造师身份承接项目等。

注销成功后，妥善保管好相关文件和证书，以备将来可能的需求。