疫情期间施工合同的处理方式主要包括以下几点：

合同履行

乙方责任：乙方应严格按照国家相关法律法规和行业标准进行施工，确保施工安全，避免对周围环境造成不良影响。乙方还应指派具备相应资质的项目负责人负责项目的日常管理工作，确保项目顺利实施，并按照约定的时间节点完成项目进度。如有特殊情况需提前或延迟完成，应与甲方进行协商。

甲方责任：甲方应按照约定的时间和方式向乙方支付施工费用，并提供项目所需的施工场地、原料、设备等，保证施工条件的满足。甲方还应协助乙方处理项目施工过程中出现的相关手续和问题，并对乙方提供的施工服务予以合理评价。

疫情相关条款

不可抗力：根据《最高人民法院关于依法妥善审理涉新冠肺炎疫情民事案件若干问题的指导意见（二）》的规定，疫情或者疫情防控措施导致承包方未能按照约定的工期完成施工，发包方请求承包方承担违约责任的，人民法院不予支持；承包方请求延长工期的，人民法院应当视疫情或者疫情防控措施对合同履行的影响程度酌情予以支持。

合同调整：疫情或者疫情防控措施导致人工、建材等成本大幅上涨，或者使承包方遭受人工费、设备租赁费等损失，继续履行合同对承包方明显不公平，承包方请求调整价款的，人民法院应当结合案件的实际情况，根据公平原则进行调整。

合同变更和解除

变更：在疫情期间，如果因疫情或疫情防控措施导致合同无法按原计划履行，双方应协商一致对合同进行变更，包括但不限于工期、付款方式、材料价格等。

解除：在极端情况下，如果疫情或疫情防控措施导致合同无法继续履行，双方可以通过协商或法律途径解除合同，并根据合同约定或法律规定处理已完成的工程部分和未支付的款项。

疫情防控

乙方责任：乙方应严格执行国家和地方疫情防控相关规定，确保施工现场安全，承担施工现场的疫情防控责任，做好防疫物资配备和员工健康管理。

违约责任

免责：因疫情或疫情防控措施导致的工期延误和财产损失，乙方可以依据不可抗力条款免除相应的责任。

调整：如果疫情或疫情防控措施对合同履行造成重大影响，双方应根据实际情况协商调整合同条款，确保合同的公平履行。

建议在疫情期间签订或履行施工合同时，双方应充分考虑疫情对合同履行的影响，并在合同中明确约定相关条款，以保障各自的合法权益。同时，建议咨询专业法律人士，确保合同的合法性和有效性。