施工合同的清算主要包括以下几个步骤：

验收工程

对已完成的工程进行质量验收，确保工程质量符合合同要求。如果工程质量不合格，承包人需要负责修复，直至验收合格。

结算方式选择

根据合同约定和工程实际情况选择合适的结算方式，常见的结算方式包括：

按月结算：每月预支部分款项，月终进行结算，竣工后清算。

竣工后一次结算：工程全部竣工后一次性支付剩余工程款。

分段结算：根据工程形象进度划分不同阶段进行结算。

固定总价结算：合同总价固定，除非合同双方约定可以调整总价的情况。

变动总价结算：根据工程量的增减、材料价格波动等因素调整工程总价。

单价合同结算：根据工程量清单和工程单价计算工程价款。

清算过程

计算实际工程量：根据合同约定的结算方式，计算实际完成的工程量和相应的工程价款。

处理预付款和进度款：核对预付款项和进度款的支付情况，确保双方权益。

结算材料和设备：对已投入使用的工程材料、设备进行清理和盘点，确保不丢失。

确定违约责任和赔偿：检查合同执行期间的违约行为，按合同规定确定违约责任与赔偿金额。

估算预期收益损失：估算因合同解除造成的预期收益损失。

合同解除后的处理

如果合同因一方违约解除，违约方应当赔偿对方因此造成的损失。

对于无效合同，但建设工程经竣工验收合格的，双方应当按照实际完成的工程量结算付款。

法律依据

在清算过程中，应参照《建设工程价款结算暂行办法》等相关法律法规和合同条款进行操作。

争议解决

若双方对清算结果有分歧，可以通过诉讼或仲裁解决，并保留相关证据以备不时之需。

通过以上步骤，可以确保施工合同清算的公正、公平，保障合同双方的合法权益。建议在实际操作中，根据具体情况灵活选择结算方式，并在清算过程中严格按照合同约定和相关法律法规进行操作。