监理工程师管理公司的方式可以总结为以下几个方面：

尊重与沟通：

监理首先要尊重施工队伍，把农民工当自家兄弟一样对待。在尊重的基础上，提供优质的服务，并通过有效沟通解决问题。动之以情，晓之以理，避免直接对工人发怒。利用领导力量，在与工人沟通无效时，可以向班组长或队伍负责人沟通，利用领导的气力来推动问题的解决。

工作安排与信任：

作为施工技术人员，监理人员要站在工人的角度思考问题，为他们出主意，减少窝工和返工，提高工效，从而赢得队伍的信任和尊重。奖罚分明，通过嘉奖和惩罚来激励施工单位，对一次性通过验收的班组、文明施工班组、安全工作做得好的班组等给予奖励，对不符合要求的施工行为进行惩罚。

提升综合能力：

监理人员需要提升自己的技术水平、沟通能力和书面表达能力，以提升管理能力和权威性。了解合同条款，监理需要充分了解合同条款，包括施工范围、质量标准、工期要求、费用预算等，以便明确自身的权责，更好地指导施工单位的工作。

建立良好沟通渠道：

监理应主动与施工单位沟通，确保信息的及时传递和问题的及时解决，并积极倾听施工单位的意见和建议。监督与指导，在施工过程中，监理应注重监督与指导，对关键节点和质量控制点进行督促，并提供必要的技术支持和指导。合理调整计划与预算，根据实际情况对计划和预算进行合理调整，并与施工单位共同探讨解决方案。

运用激励机制：

通过奖励或表扬表现优秀的施工单位，以及采取相应的惩罚措施，调动施工单位的积极性。保持公正与公平，确保所有施工单位和个人在公平的环境下进行工作。

明确目标与计划：

总监理工程师需了解项目的目标、范围、时间表和预算，并据此制定详细的项目计划。计划应明确各阶段的任务、时间节点和责任人。明确施工单位的职责，在施工合同中明确施工单位的职责范围、工作标准和质量要求，确保施工单位对项目目标有清晰的认识。

组建高效团队：

总监理工程师需组建一个高效的项目监理团队，成员应具备丰富的专业知识和实践经验。明确团队职责，确定项目监理机构人员的岗位职责，确保每个人都知道自己的工作任务和职责范围。

严格质量控制：

事前控制，审查施工单位的施工组织设计、技术方案和进度计划，确保其符合项目要求。对进场材料进行严格的质量检验，确保材料质量符合标准。对施工单位的质量保证体系进行审查，确保其健全有效。事中控制，定期对施工现场进行巡视和检查，重点检查施工工艺、施工方法和质量标准是否符合要求。对隐蔽工程进行重点监控，确保隐蔽工程施工质量符合要求。监督施工单位进行试验和检验工作，并对结果进行审核和确认。事后控制，组织相关单位进行工程质量验收，确保每一项工程都符合要求。对施工过程中的质量问题进行整改和复查，确保问题得到彻底解决。

进度与成本管理：

审查施工单位的进度计划，确保其合理可行。控制项目成本，确保项目按照预算进行。

熟悉监理合同，优选监理人员：

认真了解公司签订的监理合同，明确监理单位的职责。对总监理工程师实行押证制度，确保其定岗定位。要求监理组建立各级岗位责任制，检查现场监理组配备人员落实情况，对各类专业监理工程师专业资格、配备人数等情况检查，要求监理人员必须持证上岗。

维护监理的威信，赋予充分的权限：

建立信任机制，相信监理的公正性，并且也有能力解决好实际问题。要充分地放权给监理，并在日常的工作中加强对监理的检查和督促，按合同办事，把责任和权力划分清楚。

加强档案意识：

监理人员应增强档案意识，明确责任，积极配合，共同做好档案收集工作，确保应归档文件材料的齐全、完整、准确和真实。

通过以上方法，监理工程师可以有效地管理公司，确保工程项目的顺利进行和高质量完成。