当监理工程师发现钢材不合格时，应按照以下步骤进行处理：

初步检查

旁站监理应通过外观检查了解进场钢材的情况，检查是否有裂缝、起皮等现象，并验看铭牌和出厂的材质单。如果不合格，理论上可以直接清除出厂。

实验室检测

需要按照检验批的要求，抽取试件送监理实验室进行钢筋拉伸及冷弯的试验。如果某个检测指标不合格，一般规范通常要求是抽取双倍试件再次送检。如果还有某个指标不合格，那么该试件代表的钢材属不合格产品，应清除出厂。

决策与通知

如果试验室确定不能加倍复试或者复试也不合格，只能把进场的该批钢筋全部封存并再监理监督的情况下退场，必须要有影像及书面的退场记录，需要监理见证签字。

发现问题后，应先汇报给主任，主任再通知驻地办主任或总监。除非有特殊情况，否则应通知项目经理，要求施工单位马上停工，并更换符合标准的钢材。

停工与更换

施工单位在接到通知后，应立即停工，并抽取不合格钢材进行进一步检测。确认不合格后，必须更换符合标准的钢材，并确保所有相关记录和手续齐全。

通过以上步骤，监理工程师可以有效处理不合格的钢材，确保工程质量和安全。