山东大学外国语学院日语系的前身是山东大学东语系日语专业，该专业于1971年开始招生，1994年起与山东大学文学院联合招收硕士生，2000年获得硕士学位授予权。

日语系分为日本语言、日本文学、日本文化三个研究方向。