个人所得税的申报方式可填写“通过扣缴义务人申报”或“自行申报”，纳税人可根据实际情况自行选择。

“通过扣缴义务人申报”是指公司可以使用扣缴端软件，获取到纳税人填写的专项附加扣除信息，按月计算应缴应扣的税款后发放税后工资。“自行申报”是指纳税人可以不通过公司即扣缴义务人，而是在次年3月到6月年度汇算清缴时，自行通过个人所得税APP等途径申报其他所得或专项附加扣除。自行申报主要是给综合所得超过6万元的需要退税或补税的纳税人年度汇缴时提供方便，平常选择通过扣缴义务人申报即可，税款按月在工资中扣缴。不愿意公司从专项附加扣除信息中知晓个人隐私的，或有其他收入所得的也可以根据实际情况选择自行申报。