学校设置植物工程系、动物工程系、经济贸易系、机电工程系、计算机工程系、汽车工程系和基础课部等六系一部，另设南京农业大学、北京科技大学、淮阴工学院函授站点。

开设中高职专业18个，与淮阴工学院、淮阴师范学院联合举办“3+4”中职本科分段培养专业3个。其中园艺技术、会计与审计、汽车运用与维修、计算机应用专业为省品牌专业，畜牧兽医专业为省特色专业。建成江苏省级现代化专业群——园艺技术专业群、首批江苏省现代学徒制试点专业——畜牧兽医专业；畜牧兽医实训基地通过省现代化实训基地验收。园艺技术、畜牧兽医、汽车运用与维修实训基地为省高水平示范性基地，建有校外实习基地70多个。

园艺技术，园林技术，古树花卉生产技术