电子商务师职业技能证和资格证的区别主要体现在实施主体、评价方式和政府职能上。

1. 实施主体不同：政府部门退出，由政府部门转变为企业、协会、院校第三方社会培训评价组织等。

2. 评价方式不同：由政府部门统一命题、评价、发证转化为各评价组织自主命题、评价、发证。

3. 政府职能不同：由政府执行具体鉴定工作转化为政府负责监管和服务，保证认定工作的严肃和效力。尽管实施主体、评价方式和政府职能有所不同，但电子商务师职业技能证和资格证具有同等效力，享受国家人才政策，担负培训技能人才，提升技能水平的责任，命题、督导、考务技术体系等一脉相承，流程规范，自我监管、多方监管，保证证书规范、效力。